45年前，一位男人被邪恶的秘密组织修卡改造，从那一天以来，这名男人为了守护人类的自由持续战斗。他的名字是本乡猛，是在这个世界最初诞生的假面骑士。在海外长年与邪恶周旋的猛，因为查探到一名少女的危机而紧急回国。少女的存在对于使修卡最高干部的地狱大使复活所不可欠缺，此外亦与寻找著修卡盯上少女之原因的天空寺尊（假面骑士灵骑）及其同伴们相遇。

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...